Президиум является постоянно действующим коллегиальным руководящим органом Академии в период между Общими собраниями.
В состав Президиума помимо членов, избранных в него Общим собранием Академии, входят по должности:
В состав Президиума помимо членов, избранных в него Общим собранием Академии, входят по должности:
- Президент,
- Первый вице-президент,
- Вице-президенты,
- Главный ученый секретарь,
- Руководители отделений Академии.
Заседания Президиума проводятся по мере необходимости, но не реже одного раза в год. Президент Академии председательствует на заседаниях Президиума. В случае его отсутствия функции председательствующего по его поручению исполняет Первый вице-президент или один из Вице-президентов.
Состав Президиума Российской академии транспорта
| № | ФИО | Звание |
| 1. | Мишарин Александр Сергеевич | Президент доктор технических наук |
| 2. | Лёвин Борис Алексеевич | Первый вице-президент доктор технических наук, профессор |
| 3. | Ефимова Ольга Владимировна | Главный ученый секретарь доктор экономических наук, профессор |
| 4. | Покусаев Олег Николаевич | Главный исполнительный директор кандидат экономических наук |
| 5. | Евсеев Олег Владимирович | Вице-президент доктор технических наук |
| 6. | Ефимов Виталий Борисович | Вице-президент доктор экономических наук |
| 7. | Козлов Петр Алексеевич | Вице-президент доктор технических наук, профессор |
| 8. | Колесников Владимир Иванович | Вице-президент доктор технических наук, профессор, академик РАН |
| 9. | Приходько Вячеслав Михайлович | Вице-президент доктор технических наук, профессор, член-корреспондент РАН |
| 10. | Трофименко Юрий Васильевич | Вице-президент, Председатель Дорожно-транспортного отделения Академии доктор технических наук, профессор |
| 11. | Соколов Юрий Игоревич | Председатель Центрального регионального отделения доктор экономических наук, профессор |
| 12. | Барышников Сергей Олегович | Председатель Северо-Западного регионального отделения доктор технических наук, профессор |
| 13. | Галкин Александр Геннадьевич | Председатель Уральского регионального отделения доктор технических наук, профессор |
| 14. | Железнов Дмитрий Валерианович | Председатель Самарского регионального отделения доктор технических наук, доцент |
| 15. | Комаров Константин Леонидович | Председатель Сибирского регионального отделения доктор технических наук, профессор |
| 16. | Кочетков Андрей Викторович | Председатель Поволжского регионального отделения доктор технических наук, профессор |
| 17. | Огай Сергей Алексеевич | Председатель Восточного регионального отделения кандидат технических наук, доцент |
| 18. | Рудометкин Владимир Викторович | Председатель функционального отделения «Транспортное строительство» кандидат экономических наук, профессор |
| 19. | Приходько Виктор Маркович | Председатель Северо-Кавказского регионального отделения доктор технических наук, профессор |
| 20. | Белозеров Владимир Леонидович | Координатор по управлению, экономике и связям с регионами доктор экономических наук, профессор |
| 21. | Винокуров Борис Аркадьевич | Координатор по автомобильному транспорту доктор транспорта, профессор |
| 22. | Зайцев Александр Михайлович | Координатор по речному транспорту кандидат технических наук, доцент |
| 23. | Коваленко Геннадий Владимирович | Координатор по авиационному транспорту доктор технических наук, профессор |
| 24. | Кузнецов Александр Петрович | Координатор по связям с Правительством доктор технических наук |
| 25. | Кацыв Петр Дмитриевич | Координатор работ по Московскому транспортному узлу доктор технических наук |
| 26. | Соколов Игорь Анатольевич | Член Президиума доктор технических наук, академик РАН |
| 27. | Талашкин Геннадий Николаевич | Член Президиума кандидат экономических наук |
| 28. | Костылев Иван Иванович | Член Президиума доктор технических наук, профессор |
| 29. | Круглов Валерий Михайлович | Член Президиума доктор технических наук, профессор |
| 30. | Пашков Константин Анатольевич | член Президиума доктор медицинских наук, профессор |
| 31. | Розенберг Ефим Наумович | Член Президиума доктор технических наук, профессор |
| 32. | Рышков Антон Владимирович | Член Президиума доктор экономических наук |
| 33. | Малыгин Игорь Геннадьевич | Член Президиума доктор технических наук, профессор |
| 34. | Манаков Алексей Леонидович | Член Президиума доктор технических наук, доцент |